软件标签：SCIEX ProteinPilot
SCIEX ProteinPilot是领先的高质量、深入的蛋白质鉴定和蛋白质表达分析解决方案。具有超强的复杂算法以及易用性，轻松改善传统的工作流程，直观的用户界面，先进的处理工具，更具信心的结果，为研究人员提供更重要的信息和更具价值的内容，满足对生物信息学资源的持续增强的需求，轻松对大量质谱数据进行有意义的理解，并提供自信、一致和可靠的结果。
2、安装程序，勾选如下选项
3、输入任意公司组织名称，设置安装文件夹
4、安装完成，将补丁文件夹中的dll文件复制到安装文件夹中，替换
功能特色
1、创建搜索方法的简化用户界面
Paragon™算法的用户界面看似简单（图4），掩盖了底层算法的强大功能。它只是要求提供生物学家术语中的样本信息，例如用于制备样本的消化剂和半胱氨酸烷基化试剂。不必了解算法的基础，也不必对设置做出一系列仔细的决定来获得准确的结果。没有必要指定质量公差、要搜索的单个修改、预期的碎片离子类型或切割规则的例外情况，如遗漏或半特定切割。所有这些决定都是根据样本处理和实验目标自动做出的。
高级用户确实有能力与引擎盖下的算法设置进行交互，并在面临新的样本挑战时进一步优化搜索参数。然后，可以通过相同的简单界面显示由此进行的任何改进，以供将来搜索。
2、用ProGroup™算法解决蛋白质推理挑战
在初始数据库搜索后，ProGroup算法将搜索中的肽证据组装成蛋白质的综合摘要。该算法通过正确处理蛋白质亚群和异构体带来的复杂性来解决蛋白质分组问题，从而避免报告错误的蛋白质数量高估。
一旦识别出肽，Pro-Group算法就会对发现的肽进行统计分析，以确定最小的置信、合理的蛋白质识别集。它遵循一个简单的原则：你不能多次使用相同的数据来证明检测多种蛋白质的合理性。虽然看似显而易见，但常用的ID工具未能遵守这一规则是困扰蛋白质组学研究的错误蛋白质鉴定的主要原因。
为了执行这一原则，ProGroup算法为每种蛋白质计算两个“ProtScores”。肽对这些ProtScores的贡献能力基于其置信度，置信度越高的肽能够贡献更多。TotalProtScore基于所有发现的指向任何一种蛋白质的肽，但肽鉴定只能在其光谱尚未被用于证明已经分配的更自信的蛋白质的情况下，对蛋白质的未使用ProtScore做出贡献。只有当蛋白质具有足够的未使用的ProtScore时，才会报告为检测到的蛋白质（图5）。结果是样品中实际存在的蛋白质的阳性测定，并报告了准确的蛋白质置信度。当发现无法区分的冗余蛋白质或同源蛋白质时，ProGroup算法会将相关蛋白质组织成蛋白质“组”。一组中的多种蛋白质异构体只有在每种异构体都有独特证据的情况下才会被宣布存在。
3、蛋白质表达分析
近年来，差异蛋白表达分析的研究越来越重要，使用质谱进行差异蛋白表达的各种工具和技术也相应地发展起来。蛋白质表达原始数据既复杂又特征丰富。精简的分析需要强大的定量工具与有组织和逻辑的演示相结合。ProteinPilot™软件为这一数据分析挑战提供了可靠、复杂的解决方案。
在ProteinPilot软件中，蛋白质定量选项卡中报告了每种测量蛋白质的相对蛋白质定量信息。使用ProGroup™算法的结果，确定肽比率，并计算每种蛋白质的平均比率，包括蛋白质异构体的特异性分析（图6）。可以消除任何样品偏差（来自移液或浓度测定误差），并计算每个比率的P值，从而方便地衡量其统计意义。每个测量的蛋白质比率都根据其P值进行颜色编码，使您能够快速关注表达中显示真实变化的蛋白质。
对于相对定量研究，ProteinPilot软件支持多种标记策略，包括ICAT®试剂、iTRAQ®试剂和SILAC试剂标记，并为这些工作流程提供复杂的分析工具，如蛋白质同工型特异性定量和定量结果管理能力。
4、分析搜索结果的高级工具
综合错误发现率（FDR）分析：目标诱饵方法的原理是除了提供所有正确的蛋白质序列（“目标”）外，还提供已知错误的搜索引擎答案（“欺骗”）。在ProteinPilot软件中，通过实时反转真实的蛋白质序列，在搜索过程中自动搜索目标和诱饵数据库。通过观察这些已知错误答案（错误发现）与所有其他蛋白质相比在列表中的显示方式，在最终的答案列表中估计错误率。搜索完成后，进行分析以确定在固定FDRs2处鉴定的蛋白质和肽的产量，然后生成详细的报告（图7）。
ProteinPilot报告：搜索结果也可以传输到基于Excel的工具ProteinPilotReport3中。在这里，进行了许多不同的定性和定量分析，对样本或其采集提供了深入、有见地的理解。
FDR比较模板：由于识别率始终在固定的预定义FDR水平上确定，因此很容易对多个结果进行比较。软件中包含一个比较模板，可以轻松比较不同实验条件下的识别结果（图8）。
5、适应各种实验室环境
由于当今的蛋白质组学实验室经常使用来自不同供应商的多种类型的仪器，因此使用能够处理所有MS系统数据的搜索工具的能力是非常理想的。ProteinPilot™软件可以通过使用通用文件格式（*.mgf）从任何质谱仪中获取数据。此外，在ProteinPilot软件中将所有数据一起搜索到单个结果的能力正变得越来越强大。
在核心实验室的情况下，数据在中央实验室进行采集和搜索，但数据通常由各个小组以远程方式进行分析。ProteinPilot软件搜索生成的结果文件（组文件）可以使用免费查看器打开和查看4。查看器具有除搜索功能之外的所有软件功能，因此可用于可视化和查询样本结果。
6、结论
ProteinPilot软件为进行蛋白质鉴定和生物标志物发现实验设定了新的标准。复杂的处理工具使所有用户，无论经验如何，都能获得可靠、可理解的结果。
ProteinPilot软件提供了强大的Paragon™算法，可以从您的样本中识别更多，通常会使光谱数量加倍，从而产生肽识别。行业领先的ProGroup™算法为报告可靠、可防御的蛋白质鉴定设定了标准。结合强大的质谱仪和用于蛋白质表达分析的标记化学物质，ProteinPilot软件在生物标志物发现领域取得了重大进展。
安装激活教程
1、安装包如图所示2、安装程序，勾选如下选项
3、输入任意公司组织名称，设置安装文件夹
4、安装完成，将补丁文件夹中的dll文件复制到安装文件夹中，替换
闪电小编说明：
ProteinPilot改变了蛋白质研究中蛋白质鉴定和相对蛋白质表达分析的范式，为信息学专家和非专家带来了专家结果。该软件提供了一个直观的用户界面，将用于深度样本询问的革命性Paragon™算法与用于自信蛋白质分配的严格Pro Group™算法相结合。还嵌入了用于许多不同类型的基于标记的策略的蛋白质表达分析工具，包括iTRAQ®试剂和SILAC工作流程。在数据审查更加严格和产生的数据量不断增加的新时代，ProteinPilot软件的先进处理工具和对结果的信心使其成为当今蛋白质组学研究人员的重要和有价值的工具。软件无法下载？不知道解压密码？微信关注订阅号"闪电下载"获取
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