软件标签：PEAKS AB
PEAKS AB破解版是领先的测序解决方案，提供强大的工具集，提供精准的图形化结果，自动化工作流程和自动化优势以及详细的报告，通过简单的操作提高用户的技能水平，最终您还可以获得详细的报告，基于高精度液相-质谱数据集，全自动从头测序，准确分析，全新版本提供强大的先进的算法，全面升级，整合能力。
PEAKS AB 3.5 彻底改变了蛋白从头抗体测序，具有更高的准确性、精细的 PTM（翻译后修饰）表征和先进的聚糖分析。主要特点包括预测同量异位残基的保留时间、改进的完整质量数去卷积和增强 Ile/Leu 分化。PEAKS AB 3.5 支持 timsTOF 数据、升级的用户界面和扩展的定制功能，为抗体测序工作流程树立了新标准。
主要特点
自动化蛋白从头测序
使用参考序列对非抗体蛋白进行测序
深入的游离寡糖分析
增强的 Ile/Leu 分化
修饰和变异的定量
抗体生产的 QC/QA
通过手动编辑利用您的专业知识
全面的报告生成
支持所有主要仪器，包括 Orbitrap、timsTOF、zenoTOF
最新版本的 PEAKS AB 软件 3.5 版配备了新工具，可进一步提高测序准确性和 PTM 表征。它还提供更高级的完整分子量分析，提高了自下而上的测序可信度。
主要特点
自动化蛋白从头测序
使用参考序列对非抗体蛋白进行测序
深入的游离寡糖分析
增强的 Ile/Leu 分化
修饰和变异的定量
抗体生产的 QC/QA
通过手动编辑利用您的专业知识
全面的报告生成
支持所有主要仪器，包括 Orbitrap、timsTOF、zenoTOF
最新版本的 PEAKS AB 软件 3.5 版配备了新工具，可进一步提高测序准确性和 PTM 表征。它还提供更高级的完整分子量分析，提高了自下而上的测序可信度。
功能特色
1、软件概览
从抗体的肽段de novo测序结果得到抗体蛋白序列。 这些可靠的从头测序序列标签是来源于碎片离子的直接证据，进而组装为抗体序列。可通过点击肽段查看谱图，并且直接在谱图上标注碎片离子对应的每一个氨基酸。
2、PEAKS AB： 提供综合的肽图结果，包括：
1. 全序列信息整合视图
2.显示每一个氨基酸来自碎片离子的直接 证据
3.翻译后修饰及位点信息（PTMs）
4.氨基酸替换（序列突变确证）
3、对于含有修饰位点的每一条序列，在定量结果视图中，都列出了它们的修饰形式和未修饰形式，及其相应的色谱图，提供基于XIC的定量信息。
4、序列突变视图对于可能是由互补DNA的转录错误产生的氨基酸变异和/或截短的结果部分予以高亮显示。
5、在强化的peptide mapping功能中，PEAKS AB软件可以比较、注释不同样品的色谱图。软件中阐明可能发生的序列突变，以便于产品质量控制或任何其他相关的抗体研究。
带有注释的色谱图中蓝色的峰表示信号映射到来自参考蛋白质的肽段，而红色的峰表示序列突变或任意与产品相关的杂质。
6、PEAKS AB不仅能支持EThcD碎裂模型，而且还能将不同碎裂类型的同一个母离子的MS2谱图结合起来进行从头测序，从而得到更可靠的从头测序结果。
7、算法
PEAKS AB软件可以利用正交设计的多酶联合酶解的抗体蛋白，通过高分辨率LC-MS/MS获得的数据集，直接对抗体蛋白进行序列分析。该方法首先进行肽段的de novo sequencing，并将可信度高的序列标签自动组装成抗体序列。
8、报告生成
抗体样品描述
缩略词说明
实验流程
抗体轻/重链信息
氨基酸序列
通过肽谱匹配水平0.1% FDR质控的peptide mapping
可变区典型肽段的选择
区分Ile/Leu
新功能
单克隆抗体在生化分析、医学研究、诊断和治疗方面具有广泛的应用。抗体 （Ab） 的蛋白质序列编码其结构和功能的关键信息。通过蛋白质从头测序检索序列无需筛选 B 细胞、生成杂交瘤细胞系或进行下一代测序。
PEAKS AB 软件是一个用于抗体从头测序以及使用液相色谱-串联质谱 （LC-MS/MS） 表征修饰和序列变体的平台。PEAKS AB 软件还支持 PTM 和变体的表征，用于研究、发现和质量控制目的
抗体序列是从头测序的肽中获得的。将具有直接片段离子证明的可靠从头序列标签组装到抗体序列中。de novo View 显示了 de novo peptide 序列标签的组装。
从头视图
PEAKS AB 提供全面的肽图分析，包括：
深入了解完整的序列信息
可靠地显示来自直接碎片离子的每个氨基酸
翻译后修饰 （PTM）
序列变体
肽图分析视图
糖肽图谱视图
对于每个经过修饰的序列位置，列出了修饰的肽形式和天然肽形式及其色谱图，以供定量查看。
翻译后修饰 （PTM） 分析
序列变异视图突出显示了可能由互补 DNA 的错误转录引起的氨基酸替换、插入和缺失。
序列变体视图
通过增强的“肽图分析”功能，PEAKS AB 软件可以比较不同样品之间带注释的色谱图。将说明可能的序列变体，以促进产品质量控制或任何其他相关抗体研究。如右图所示，注释色谱图中的蓝色峰表示可从参比蛋白映射到肽的信号，红色峰表示序列变体或任何与产品相关的杂质。
EThcD 碎片模型在 PEAKS AB 2.0 中实现。此外，将来自同一前体的 MS2 谱图与不同类型的碎裂相结合进行从头测序，从而产生更可靠的从头测序结果。
EThcD 数据分析
PEAKS AB 3.5 具有改进的反卷积算法，可实现自动化、高效和准确的完整质量分析。对蛋白质进行完整质量测量以验证组装序列和任何修饰的存在，例如 N 端焦谷氨酸 （Gln -> Pyro-Glu）、C 端赖氨酸截短 （1*Lys-Trunc） 和 N-连接糖基化 （'*A2G0F），如下所示。此外，完整质量值的支持已集成到自下而上的肽图分析结果视图中。
从头视图
PEAKS AB 提供全面的肽图分析，包括：
深入了解完整的序列信息
可靠地显示来自直接碎片离子的每个氨基酸
翻译后修饰 （PTM）
序列变体
肽图分析视图
糖肽图谱视图对于每个经过修饰的序列位置，列出了修饰的肽形式和天然肽形式及其色谱图，以供定量查看。
翻译后修饰 （PTM） 分析
序列变异视图突出显示了可能由互补 DNA 的错误转录引起的氨基酸替换、插入和缺失。
序列变体视图
通过增强的“肽图分析”功能，PEAKS AB 软件可以比较不同样品之间带注释的色谱图。将说明可能的序列变体，以促进产品质量控制或任何其他相关抗体研究。如右图所示，注释色谱图中的蓝色峰表示可从参比蛋白映射到肽的信号，红色峰表示序列变体或任何与产品相关的杂质。
EThcD 碎片模型在 PEAKS AB 2.0 中实现。此外，将来自同一前体的 MS2 谱图与不同类型的碎裂相结合进行从头测序，从而产生更可靠的从头测序结果。
EThcD 数据分析
PEAKS AB 3.5 具有改进的反卷积算法，可实现自动化、高效和准确的完整质量分析。对蛋白质进行完整质量测量以验证组装序列和任何修饰的存在，例如 N 端焦谷氨酸 （Gln -> Pyro-Glu）、C 端赖氨酸截短 （1*Lys-Trunc） 和 N-连接糖基化 （'*A2G0F），如下所示。此外，完整质量值的支持已集成到自下而上的肽图分析结果视图中。
PEAKS AB 3.5
可通过完整分子量分析结果自动进行序列验证
可通过完整分子量分析结果自动进行序列验证
支持N-link和O-link聚糖谱分析
通过保留时间预测提高测序的准确性
提升I/L区分性能
报告导出升级
支持布鲁克 timsTOF 数据
BSI质谱实验室蛋白从头测序
单克隆和多克隆抗体从头测序
免疫肽组学发现研究
糖谱和糖蛋白质组学分析
ADC表征
闪电小编说明：
算法全面升级从头测序功能，从抗体测序飞跃到任意蛋白测序，整合Intact Mass数据验证测序结果。在从头测序数据中提供糖基化位点的全景表征。
PEAKS AB使用液相质谱(LC-MS/MS)多酶联合酶解的数据集中提供蛋白水平的从头测序自动化方案。从高置信的从头序列标签开始，使用de Brujin加权算法组装完整的蛋白质序列。
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